Ergebnisse:
Das Performanceproblem liegt am IPv6 (warum auch immer) und sollte in dieser Diskussion aussen vor bleiben. Die Performance ist jetzt akzeptable, also nicht schlechter als im Kopano.
Das Indikator-Problem bleibt mir aber erhalten und ist auch direkt reproduzierbar. Noch interessanter ist, dass ich innerhalb der Linux-DeskApp eine Notification über eine neue Nachricht bekomme (also nicht im System, wie es sein sollte, aber das ist ein anderes Thema) aber die Inbox wird nicht fett und es erscheint auch kein Zähler. Was auch bleibt ist, dass der Indikator nicht verschwindet, wenn die Mail durch anklicken und warten als gelesen markiert wird. Alles bleibt, wie es ausführlich oben beschrieben habe.